Prieš II pasaulinį karą prasidėjusį Lietuvos Evangelinio tikėjimo krikščionių (sekmininkų) bendravimą nutraukė sovietinė okupacija. Iki 1989 m. Lietuvos ir buvusios TSRS Sekmininkų Bažnyčios bendravo neformaliai.
Baltijos šalyse Bažnyčių padėtis buvo šiek tiek geresnė nei kitur – tikintieji galėdavo laisviau rinktis, kviesti tarnautojus iš kitų vietovių. Vilniaus ETK Bažnyčioje rinkdavosi jaunimas; į tuos suvažiavimus atvykdavo svečių iš Baltarusijos, Ukrainos, Rusijos ir kitų šalių. Krikščionių susibūrimai vykdavo prisidengus valstybinių švenčių, vestuvių ir kitomis progomis. Tikintys jaunuoliai kitose TSRS respublikose būdavo vejami iš aukštųjų mokyklų ir atvykdavo studijuoti į Baltijos šalių aukštąsias mokyklas. Daugelis čia ir pasilikdavo. Taip net ir sovietmečiu susikurdavo ir augdavo Bažnyčios. Septintajame dešimtmetyje krikščioniškas prabudimas vyko Taline, pripildytos Dievo Dvasios pamaldos vykdavo Jelgavoje – Latvijos sekmininkų sostinėje.
1989 m. gegužę Sekmininkų Bažnyčios pasitraukė iš TSRS Evangelikų krikščionių baptistų sąjungos.
1989 m. rudenį Vilniaus, Biržų, Panevėžio Sekmininkų Bažnyčios, siekdamos atkurti sovietinės valdžios susilpnintą Bažnyčių bendravimą, nutarė susiburti į Sąjungą.
1991 m vasario 16 d. Vilniaus, Panevėžio, Kėdainių, Klaipėdos ir Biržų Sekmininkų Bažnyčių atstovų suvažiavimas įsteigė Lietuvos Evangelinio tikėjimo krikščionių sąjungą, patvirtino jos įstatus ir Tikėjimo pagrindus. Buvo išrinkta Sąjungos pastorių taryba: I. I. Panko – Sajungos prezidentas, P. Volkovas – Sąjungos prezidento pavaduotojas, V. Zdanievičius – dvasinio švietimo skyriaus vadovas, R. Kupstys – užsienio ryšių skyriaus vadovas, I. Škulis – evangelizacijos skyriaus vadovas ir finansininkas; B. Filon, Jevgenijus Malko, S. Olesikas, V. Drevalis – nariai. Suvažiavime dalyvavo Rusijos Evangelinio tikėjimo krikščionių sąjungos vyresnysis pastorius R. Bilas (pirmininkavo suvažiavimui) ir Baltarusijos Evangelinio tikėjimo krikščionių sąjungos vyresniojo pastoriaus pavaduotojas F. Marčiukas.
1994 metais ETK sąjungos Bažnyčių suvažiavime prezidentu išrinktas V. Zdanievičius, pavaduotojais tapo R. Kupstys ir I. Škulis.
1995 m. kovą Sąjungos prezidento pareigos pavestos R. Kupsčiui, nes V. Zdanievičius susirgo.
1998 m. balandį įvyko eilinis ETKS suvažiavimas, kuriame R. Kupstys išrinktas ir pašventintas Sąjungos vyskupo tarnystei. Vyskupo pavaduotoju išrinktas I. Škulis. Sąjungos sekretoriumi ir finansininku paskirtas T. Mačeliūnas. Buvo sudarytas ETKS administracinis komitetas ir išrinkti jo nariai: R. Kupstys, I. Škulis, B. Filon, R. Kairys, V. Latyš. Atsakinga už darbą su moterimis ir vaikais paskirta Olga Škul.
2001 m. lapkritį buvo įkurtas ETK sąjungos misijų komitetas, kurio pagrindinis tikslas – rūpintis naujų Bažnyčių steigimu.
Dabar Sąjungai priklauso 20 bendruomenės, iš jų 12 turi juridinio asmens statusą. Jose tarnauja 14 pastorių, dirba 136 kiti tarnautojai. Bažnyčiose narių yra apie 1200 suaugusiųjų.
